[GEN - 주한외국기업뉴스] 관세청은 부가가치세법령에서 규정하고 있는 수정수입세금계산서 미발급 기준에 대한 실무 운영 가이드라인을 담은 '수정수입세금계산서 발급 지침'을 마련하여 12월 5일부터 외부 의견 수렴을 실시한다고 밝혔다.

이번 지침은 미발급 사유별 처리 기준을 구체화해 납세자의 예측 가능성을 높이고, 전국 세관의 발급 업무 기준을 통일하여 법적 안정성을 제고하는 데 목적이 있다.

또한 그간 불명확한 ‘미발급 사유’로 인해 발생하던 행정적 해석 논란을 최소화하여 기업들의 성실신고를 유도하고, 기업의 행정적 부담을 완화하는 데 실질적인 도움을 주고자 마련됐다.

수입자가 수입 시 세관에 납부한 부가가치세는 수입세금계산서를 발급받아 추후 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제받아 납부세액을 줄일 수 있다. 이때, 과세표준이나 세액이 변경되면 이 매입세액 공제 금액도 달라지므로 이를 정확히 반영하기 위해 수정수입세금계산서가 필요하다.

원칙적으로 세관장의 경정 또는 수입자의 수정신고 시 수정수입세금계산서가 발급되지만, 관세포탈 행위 등 부가가치세법령상 일정 기준에 해당하는 경우에는 발급이 제한되어 추가로 납부한 부가가치세에 대해 매입세액 공제를 받을 수 없다.

관세청은 이러한 법령 취지를 고려하여 ‘수정수입세금계산서 미발급 대상’의 판단 기준을 명확하게 정리한 '수정수입세금계산서 발급 지침'을 마련했다.

특수관계자 거래 시 과세자료 미제출에 대한 미발급 조항에서는 제출대상 과세자료의 종류를 구체적으로 규정하고, 반복 오류에 대한 미발급 조항에서는 반복 오류 유형 구분표를 마련했다.

아울러 보정통지 미수정에 대한 미발급 조항에서는 발급대상으로 보는 ‘정당한 사유’의 해당 범위를 정하고, 가격신고(과세자료)의 중대한 하자에 대한 미발급 조항에서는 중대한 하자로 판단할 수 있는 세부 기준을 제시했다.

본 지침은 의견 수렴 절차를 거친 후, 2026년 1월 1일부터 일선 세관의 수정수입세금계산서 발급 업무에 적용될 예정이다.

이명구 관세청장은 "이번 지침으로 수정수입세금계산서 발급과 관련한 납세자의 혼란을 최소화하고, 세관 업무의 통일성을 확보해 투명하고 예측 가능한 납세 환경을 조성할 수 있을 것으로 기대한다"며, "접수된 의견을 면밀히 검토하여 최종 지침에 적극 반영하겠다"고 밝혔다.